Elektronik fatura (e-Fatura); şirketler arasındaki faturalaşma sürecini elektronik ortama taşıyarak hızlı ve güvenli yapılmasını sağlayarak, mükellefleri belge bastırma, yazdırma, gönderme ve arşivleme gibi maliyetlerden kurtarmaktadır. e-Fatura kullanımına ilişkin usul ve esaslar 5 Mart 2010 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan 397 sıra numaralı Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği ile belirlenmiştir. Yeni Türk Ticaret Kanunu’nun getirdiği düzenlemelerden biri olan e-Fatura uygulaması, Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından açıklanan 421 sıra numaralı Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği uyarınca 1 Eylül 2013 tarihinden itibaren gerçek kişiler, anonim ve limited şirket statüsündeki zorunlu mükellefler için uygulanmaya başlanmıştır.
421 sıra numaralı Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği ile;
(a) 5015 sayılı Petrol Piyasası Kanunu kapsamında madeni yağ lisansına sahip olanlar ile bunlardan 2011 takvim yılında mal alan mükelleflerden 31.12.2011 tarihi itibariyle asgari 25 milyon TL brüt satış hasılatına sahip olan, (b) Özel Tüketim Vergisi Kanunu’na ekli (III) sayılı listedeki malları imal, inşa veya ithal edenler ile bunlardan 2011 takvim yılında mal alan mükelleflerden 31.12.2011 tarihi itibariyle asgari 10 milyon TL brüt satış hasılatına sahip olan, mükellef gruplarına elektronik defter tutma ve elektronik fatura uygulamasına dahil olma zorunluluğu getirilmiştir.
Şirketler e-Fatura işlemlerini üç türlü yapabiliyorlar. Buna göre: (1) Bilgi İşlem Sistemlerinin Entegre Edilmesi Yoluyla Kullanım (2) e-Fatura Portalı Aracılığı ile Kullanım (3) Özel Entegratör Aracılığı ile Kullanım.
300.000’den fazla şirketin Maliye Bakanlığı Gelir İdaresi Başkanlığı’na (GİB) e-Fatura sistemine geçiş başvurusu yapması bekleniyordu. Yakın zamanda 19.000 şirketten fazlası e-Fatura hizmetinden yararlanmaya başladı. 1 Ocak 2014 itibariyle, 30 bin şirketin e-Fatura sistemine geçmesi bekleniyordu. Ancak 27 Aralık 2013 tarihinde Maliye Bakanlığı tarafından yapılan açıklamaya göre, e-Faturaya geçişte teknik sıkıntı yaşayan mükellefler için 3 ay daha ek süre tanındı. e-Fatura zorunluluğu kapsamında olup başvuru yapan bütün mükelleflerin kullanıcı hesapları 01.01.2014 tarihine kadar Gelir İdaresi Başkanlığı’nca aktive ediliyor. Ancak e-Fatura uygulamasına kayıtlı olan mükellefler için e-fatura gönderme ve alma zorunluluğu 01.04.2014 tarihi itibariyle başlayacak. Bu tarihe kadar mal veya hizmet satışı dolayısıyla fatura düzenlemek zorunda olan mükellefler, genel hükümler çerçevesinde e-Fatura düzenleyebilecekleri gibi kağıt fatura da düzenleyebilecekler.